Либо делать клиент + сервер и общение по API, либо использовать Cython и применить обфускацию кода. Только так его можно будет защитить. Если в коде нет ничего особенного, я бы использовал лицензию GNU General Public License и выложил, к примеру, на GitHub или любой другой публичный репозиторий.